Năm 1990, Fujimori chạy đua chức Tổng thống Peru và nhận được 29% phiếu bầu, xếp thứ hai sau tiểu thuyết gia Mario Vargas Llosa, người chỉ nhận được 34% phiếu. Không ứng cứ viên nào đạt đủ số lượng phiếu cần thiết để chiến thắng. Trong đợt bầu cử lại, Fujimori đã đặc biệt chú trọng đến cử tri ở vùng nông thôn, đến những người thổ dân châu Mỹ và những người có dòng máu pha trộn châu Âu và thổ dân châu Mỹ và những người nghèo nghi ngờ Vargas Llosa có quan hệ với giới giàu có. Cả hai ứng cử viên đều hứa hẹn cải thiện tình hình kinh tế tồi tệ của Peru—đã bị làm xấu đi bởi những cuộc tấn công của nhóm Sendero Luminoso (Con đường Ánh sáng), một tổ chức du kích của những người theo tư tưởng Mao và phong trào Cách mạng Tupac Amarú. Fujimori đã giành chiến thắng với 60% số phiếu ủng hộ - một tỷ lệ đa số cao nhất từng có đạt được bởi một ứng cử viên ở Peru, khiến ông trở thành người gốc Nhật đầu tiên lên chức Tổng thống Peru. Ngay lập tức sau khi nhậm chức, ông đã thiết lập quan hệ với Nhật Bản với hy vọng giành được một phần viện trợ nước ngoài của Nhật Bản. Ông cũng áp dụng những biện pháp cải cách kinh tế cứng rắn để giảm lạm phát cao.

Tháng 4 năm 1992, Fujimori giải tán quốc hội, áp đặt kiểm duyệt báo chí, đình chỉ một số phần của hiến pháp và bắt giữ một số đối thủ chính trị. Ông tuyên bố rằng những hành động này là cần thiết để hiện đại hoá Peru, chống khủng hoảng kinh tế và chống lại tổ chức Sendero Luminoso, những kẻ buôn bán ma túy và nạn tham nhũng. Ông đã thành công trong việc bắt sống và giam tù thủ lĩnh của Sendero Luminoso Abimael Guzmán Reynoso. Ngày 13 tháng 11, một âm mưu đảo chính bị chặn đứng và ngày 22 tháng 11 một quốc hội đơn viện đã được bầu ra thay cho quốc hội lưỡng viện mà Fujimori trước đó đã giải tán. Đảng của Fujimori, Thay đổi 90, giành đa số ghế. Quốc hội này đã thông qua luật cho phép tổng thống tìm kiếm sự tái tranh cử và nghiêm cấm người thân của các tổng thống đương quyền chạy đua cho các văn phòng bầu cử hay phê phán các chính sách của tổng thống. Fujimori đã ủng hộ quy định sau để chặn họng vợ mình là Susana Higuchi, một người hay lên tiếng phê phán chính quyền của ông. Các đại biểu đã thông qua cơ cấu của quốc hội đơn viện và các luật bầu cử, mà tất cả đã được trở thành một phần của bản hiến pháp tháng 12 năm 1993.

Các chính sách kinh tế của Fujimori nhấn mạnh đến các hình thức kinh tế thị trường tự do, tư hữu hoá các công ty quốc doanh và đầu tư nước ngoài. Giữa thập niên 1990, các chính sách này đã khiến Peru phục hồi tốc độ tăng trưởng kinh tế và có tốc độ vượt 12% vào năm 1994 nhưng nền kinh tế được cải thiện không giúp được nhiều cho hàng triệu người nghèo Peru.